Ki Seno Nugroho meninggal dunia pada Selasa (3/11/2020) pada sekitar pukul 22.15 WIB. Ki Seno dinyatakan meninggal di RS PKU Muhammadiyah Gamping, Sleman.
Jenazahnya kemudian disemayamkan di rumah duka di Gayam, Argosari, Sedayu, Bantul dan dimakamkan pada Rabu (4/11/2020) pukul 13.00 WIB di Makam Semaki Gede Yogyakarta.
