Mulai tahun 2000 hingga 2005 pembangunan masjid agung mulai menggunakan dana Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD) sebesar Rp 1,5 Milyar. Hingga saat ini, masjid agung sudah mengalami beberapa renovasi pada tahun 2015, 2017, dan 2018.
Sebagian besar renovasi dilakukan untuk memperbaiki kondisi atap, kondisi lantai yang ambles saat gempa serta menambah beberapa fasilitas penunjang.
Dalam satu baris shaf dapat menampung hingga seratus orang jamaah. Dalam keadaan penuh, masjid ini dapat digunakan leh 2000 lebih muslim yang ingin beribadah.
Selama bulan Ramadan, biasanya terdapat aktivitas mengaji di pagi dan sore hari serta sholat tarawih. Namun, selama pandemi, segala aktifitas masjid agung dihentikan. Hanya bagian selasar masjid yang masih nampak satu dua orang yang beribadah maupun beristirahat.
Baca Juga:Masakan Ibunda Jadi Menu Favorit Mahmoud Eid di Bulan Ramadan
Salah satu yang menjadi ikon bangunan masjid agung adalah ukiran ayat suci al-quran yang berada di langit-langit bagian luar. Selain itu, ada terdapat patung padasan yang dibangun belakangan. Patung padasan tersebut menandakan arti kesucian tempat ibadah.
Bedug yang dimiliki masjid manunggal agung juga merupakan salah satu bedug terbesar di DIY.Bedug tersebut bahkan sering dipinjam untuk mengikuti festival bedug di Jakarta. keberadaan bedug ini sudah ada sejak masjid berdiri, dan hingga saat ini masih digunakan.
Kata manunggal sendiri memiliki arti persatuan. Saebani menjelaskan, hal tersebut sebagai simbol bahwa masjid tersebut menyatukan berbagai kelompok islam. Siapapun dari aliran apapun diperbolehkan beribadah di masjid tersebut.
Banyak tokoh-tokoh besar yang sudah berkunjung ke masjid ini. Salah satunya adalah Alm KH Zainuddin MZ. Suasana yang asri dengan banyaknya pepohonan yang mengelilingi bangunan masjid, membuat masyarakat gemar beraktivitas di masjid ini.
Baca Juga:Jadi Jujugan saat Ramadan, Begini Suasana Masjid Jogokaryan di Tengah Wabah
