Saat ini wilayah IKN masih dalam yuridiksi atau kewenangan Polsek Semoi dan Sepaku di bawah Polres Penajam Paser Utara.
Kepolisian resor atau polres adalah satuan atau unit kerja polisi dalam wilayah hukum satu kota atau satu kabupaten. Komandannya seorang polisi karier berpangkat ajun komisaris besar polisi (AKBP). Bila jumlah penduduk kabupaten atau kota tersebut mencapai 1 juta jiwa atau lebih, maka jabatan kepala polres (kapolres) diamanahkan pada seorang komisaris besar polisi (kombes).
Kepolisian sektor adalah unit di bawah polres, di wilayah satu kecamatan, dan dipimpin seorang ajun komisaris polisi (AKP), Pada kecamatan-kecamatan yang memiliki perbatasan langsung dengan distrik-distrik di Sarawak atau Sabah, Malaysia di Kalimantan Barat dan Kalimantan Utara, polsek dipimpin seorang komisaris polisi (kompol) untuk mengimbangi pangkat Penguasa Polis Perwira Polis Diraja Malaysia (PDM) yang menjadi rekan dalam menegakkan keamanan dan ketertiban di sisi Malaysia.
Selain polisi, saat ini di wilayah IKN sudah aktif berpatroli satu regu berkekuatan 12 personel TNI dari Kodam VI Mulawarman. Jumlah personel itu, kata Pangdam VI Mulawarman Mayjen Teguh Rumekso pada kesempatan terpisah bisa ditingkatkan hingga satu peleton sesuai kebutuhan.
