Berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 2349/ Menkes/ PER/ XI/ 2011 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Bidang Teknis Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit, BBTKLPP Yogyakarta mempunyai tugas melaksanakan: Surveilans epidemiologi, kajian dan penapisan teknologi, laboratorium rujukan, kendali mutu, kalibrasi, pendidikan dan pelatihan.
Selain itu, BBTKLPP Yogyakarta juga bertugas dalampengembangan model dan teknologi tepat guna, kewaspadaan dini dan penanggulangan Kejadian Luar Biasa (KLB) di bidang pemberantasan penyakit menular dan kesehatan lingkungan serta kesehatan matra.
