Namun akhirnya, pada 1661 para rohaniwan, bersama rakyat Portugis lainnya, harus angkat kaki dari Makassar karena gejolak politik antara VOC dan orang-orang Portugis.
Umat Katolik di kota itu pun hanya bisa dilayani sesekali dari Surabaya, Jawa Timur atau Larantuka, Flores Timur, NTT.
Kemudian pada 1892, Pastor Aselbergs, SJ dipindahkan dari Larantuka menjadi Pastor Stasi Makassar.
Tiga tahun kemudian, pada 1895, sebidang tanah dan rumah di Komedistraat -- kini Jalan Kajaolalido -- dibeli untuk kemudian menjadi lokasi dibangunnya gereja pada 1898.
Baca Juga:Cerita Pasutri Nyaris Jadi Korban Bom Bunuh Diri di Gereja Katedral
Pembangunan gereja selesai pada 1900, lalu direnovasi dan diperluas sejak 1939 sampai 1941 dengan bentuk yang bertahan hingga saat ini.
Puluhan pastor telah melayani umat di Gereja Katedral Makassar. Selain itu, belasan ribu umat dibaptis dan ribuan pasang pengantin menjalani pemberkatan di gereja yang menjadi keuskupan Makassar sejak 1961 ini.
