Perang pun pecah, pasukan dari dua kubu gugur bergelimpangan. Dan tombak Kyai Baru jadi alat pencabut nyawa Adipati Pragola II di tangan Sultan Agung, saudaranya sendiri.
Terdapat versi lain yang menyebutkan bahwa Sultan Agung menyerahkan tombak kepada lurah bawahannya untuk kemudian dilemparkan ke Sang Penguasa Pati.
Yang jelas, perang saudara akibat hasutan Tumenggung Endranata ini membawa kerugian besar bagi kedua kubu, baik secara materi maupun nyawa.
Setelah pengkhianatan Tumenggung Endranata terendus dan terbukti, ia ditangkap lalu dihukum mati.
Berdasarkan Serat Kandha, Tumenggung Endranata dimutilasi menjadi tiga bagian. Kepala dipancang di alun-alun Batavia, kaki dibuang ke laut Jawa, dan badannya dikubur di anak tangga Makam Raja-Raja Mataram di Imogiri, Yogyakarta.
Pengkhianatan Tumenggung Endranata membuatnya dianggap tidak layak mendapat tempat terhormat di Jawa sampai kiamat. Hingga kini bagian badan Tumenggung Endranata dipercaya setiap hari masih diinjak-injak setiap orang yang menaiki anak tangga Makam Raja-Raja Mataram di Imogiri.
Demikian kisah Tumenggung Endranata. (Metro.Suara)
