Lembaga ini memiliki fungsi mengoordinasikan kebijakan, memantau dan mengevaluasi program penanggulangan HIV/AIDS, serta menjalin kerja sama antar daerah dan pengelolaan informasi.
Pemkab Kulon Progo berharap, dengan penguatan KPA dan keterlibatan aktif lintas sektor, penyebaran kasus HIV/AIDS bisa ditekan dan stigma terhadap penderita bisa dikikis.